Nella seconda stagione di Gotham i detective Jim Gordon e Harvey Bullock combattono la dilagante corruzione che Nathaniel Barnes ha portato a Gotham City. Gordon è costretto a chiedere aiuto al Pinguino, il re della Gotham sotterranea. La metropoli è invasa da bizzarri criminali tra cui Edward Nygma, il professor Hugo Strange, Victor Fries e Barbara Kean che ha preso di mira la compagna di Gordon, Leslie Thompkins. La città è nel caos e il miliardario Theo Galavan, insieme a sua sorella Tabitha, nascondo una vendetta progettata da tanto tempo mentre arruolano detenuti dall’Arkham Asylum. Con il giovane Bruce Wayne che sta iniziando a scoprire l’eredità della sua famiglia, per quanto tempo ancora regnerà il caos a Gotham City?