Jesse e il balenottero Willy si erano incontrati quando entrambi erano piccoli e fra loro era nato uno speciale rapporto d'amicizia. Oggi Jesse ha diciassette anni e il suo vecchio maestro Randolph gli ha procurato un lavoro estivo su una nave da ricerche oceaniche che segue la rotta delle balene per cercare di capire i motivi della decimazione delle orche. Vicino a Jesse vive Max, un ragazzino di dieci anni: il papà possiede un peschereccio e gli comunica che finalmente lo porterà con se alla prossima battuta di pesca. Durante il viaggio però Max scopre che il padre e i suoi soci sono in realtà cacciatori di balene che uccidono per conto di commercianti senza scrupoli. Jesse e Max si incontrano, diventano amici e decidono di provare a salvare Willy e tutto il resto del branco. Numerosi ostacoli si sovrappongono alla loro azione. Max, in particolare, deve trovare dentro di sé il coraggio per affrontare il padre, mettersi in contrasto con lui e disobbedirgli. Ma alla fine la ragione prevale, il peschereccio rinuncia alla caccia e Jesse ha una nuova conferma dello straordinario rapporto che lo lega a Willy, del quale ora è diventato amico anche Max.