Mentre Trinity veglia Neo ancora in coma, Morpheus sta cercando di adattarsi alla realtà che l'Uno su cui aveva fondato le sue speranze di una nuova rinascita è, in realtà, un altro sistema di controllo ideato dagli architetti di Matrix. Intanto l'esercito di Zion, aiutato da valorosi volontari come Zee e Kid, combatte per ritardare l'avanzata delle sentinelle e delle macchine. A fiaccare la resistenza dei combattenti anche il fatto che l'agente Smith è divenuto potentente al punto tale da voler distruggere insieme le macchine e il mondo reale. Con l'aiuto di Niobe, Neo e Trinity decidono di sfidare il nemico nel loro cuore dove nessuno si era mai avventurato, la Città delle Macchine.