Cinque anni dopo gli eventi della prima stagione, Joel ed Ellie vivono nella comunità di Jackson, in Wyoming. Il loro rapporto è però incrinato: Ellie è diventata più indipendente e distante, mentre Joel nasconde ancora il segreto della strage delle Luci all’ospedale di Salt Lake City, dove salvò Ellie da un intervento letale.
Durante una ronda, Ellie e la sua amica Dina scoprono un nuovo tipo di infetto, più intelligente e silenzioso. Ellie viene morsa ma, essendo immune, nasconde l’accaduto. La stessa notte, un gruppo di ex Luci guidato da Abby si avvicina a Jackson con un solo obiettivo: uccidere Joel per vendicare la morte del padre, uno dei medici uccisi da Joel anni prima.