Gamble e Ross sono i primi astronauti a discendere su Marte, ma nel corso della missione qualcosa non va per il verso giusto e Ross viene infettato da un organismo alieno e lentamente comincia a mutare in qualcosa di estremamente pericoloso. Per fermarlo, i superstiti del primo film si alleeranno con una nuova (e benevola) versione di Sil geneticamente ottenuta dalla fusione tra DNA alieno e quello umano.