In un futuro non troppo lontano gli X-Men, un'intera generazione di eletti, possiedono incredibili super poteri, frutto di una straordinaria mutazione genetica. Tempesta domina le condizioni atmosferiche, Wolverine ha capacità taumaturgiche e artigli affilatissimi, Rogue è in grado di assorbire tutta l'energia vitale… sotto la tutela del Professor Charles Xavier (Patrick Stewart), telepata potentissimo, impareranno a controllare i fenomeni che derivano dal loro ''gene X''. Destinati a proteggere un mondo che li odia, dovranno anche lottare contro La Fratellanza dei malvagi, vendicativi mutanti capeggiati dal perfido Magneto (Ian McKellen) che prepara un terribile piano.