Una profezia ha annunciato che la perfida regina-strega Bavmorda dovrà soccombere a causa di una bambina appena nata, Elora Danan, che, da grande, regnerà al suo posto sul popolo dei Daikini. Per evitare che questo avvenga, Bavmorda manda subito in cerca della neonata i suoi fedeli emissari, comandati dalla sua stessa figlia Sorsha e dal terribile generale Kael. Ma Elora, nascosta dalla levatrice dentro un cesto trasportato lontano dalla corrente di un fiume, giunta nel paese dei Nelwyn, un popolo di pacifici nani agricoltori, viene raccolta dai due figlioletti di Willow Ufgood, un giovane contadino. Egli si lascia convincere dai suoi bambini, entusiasti della deliziosa Elora, a tentare di salvare la piccola dai grandi pericoli che la minacciano. Ascoltando i consigli del saggio vecchio del suo villaggio, High Aldwin, Willow, per consegnare la neonata ai Daikini, decide di intraprendere personalmente l'impresa, alleandosi con un rude e abile guerriero ex ladro, Madmartigan. Questi, a poco a poco, conquistato dalla piccola, si batte coraggiosamente per la sua salvezza, e s'innamora, riamato, di Sorsha, che entrerà quindi nel gruppo dei "buoni". Affrontando pericoli d'ogni genere, aiutati da due folletti, dalla strega buona, Fin Raziel, e dall'esercito del guerriero Aiek, Willow e Madmartigan riescono a superare molte dure prove. Ma Bavmorda riesce ad impossessarsi di Elora e, mentre sta per sacrificarla, Fin Raziel affronta la strega rivale nel castello della regina, lottando con la magia e provocando favolosi prodigi. Dopo ulteriori combattimenti il bene trionfa: Elora è salva, Bavmorda soccombe insieme ai suoi soldati, Madmartigan e Sorsha possono finalmente vivere felici, mentre il coraggioso Willow torna trionfalmente alla sua amata famiglia e al suo villaggio.