La piccola Opal si è trasferita da poco nella cittadina di Naomi, in Florida, ha dieci anni e si sente molto sola. Sua madre se n'è andata di casa quando lei aveva solo tre anni, e suo padre è un pastore protestante con cui non va troppo d'accordo. Un giorno, mentre si trova nel supermercato Winn-Dixie, la bambina si imbatte in un cagnolino randagio, magro, brutto e spelacchiato ma assolutamente speciale, che lei decide di adottare e a cui dà il nome del grande magazzino dove si sono incontrati. Insieme a Winn-Dixie, Opal entrerà in contatto con una serie di stravaganti personaggi - il timidissimo Otis, l'anziana bibliotecaria, la piccola Sweetie-Pie, Amanda, i rudi fratelli Dewberry, la "strega" Gloria Dump - e riuscirà a recuperare il rapporto con suo padre...