A più di un anno di distanza dalla prima missione del Colonnello O'Neill, lo Stargate rimane piantonato nella base delle Montagne Cheyenne, ormai inutilizzato. Quando sembrava che ormai il Progetto Stargate fosse destinato a scomparire, un plotone di soldati alieni, con armature a forma di serpente, attraversa il dispositivo, uccidendo tutte le guardie e rapendo l'unica donna presente. In risposta a questa invasione, il progetto Stargate viene riattivato immediatamente per ordine del Generale Hammond, che fa richiamare in servizio il Colonnello O'Neill...