La storia, ambientata all'inizio del XVII secolo, racconta di John Blackthorne, un inglese che una volta naufragato sulle coste del Giappone si vede costretto a vivere in una località lontana, ostile e con uno stile di vita molto diverso da quello che conduceva. Inizialmente fatto prigioniero, finirà per farsi valere nella guerra condotta da Toranaga per diventare lo shogun: titolo che indica il capo militare supremo. Blackthorne inizia con lui varie battaglie diventando il primo gai-jin (straniero) ad essere nominato samurai.