Contiene il DVD dell'edizione 2D ed un secondo disco con il film in 3D! Alla scuola per fate di Alfea le Winx, senza Bloom che sta vivendo la sua vita da principessa su Domino, sono costrette a fronteggiare le perfide Trix che hanno rubato un potentissimo oggetto misterioso. Nel frattempo, Bloom deve fare i conti con un oscuro segreto che grava sul regno di Eraklyon e che non le permette di sposare l'amato Sky. Quando le Antenate, con l'aiuto delle Trix, riescono a rintracciare l'Albero della Vita e a minare l'equilibrio tra la magia positiva e quella negativa, Bloom e le sue amiche si riuniranno per ristabilire l'ordine e scoprire il segreto che grava su Sky...