Anno 2654, "Pegasus" è la grande base spaziale della confederazione terrestre chiamata a pattugliare lo strategico "corridoio di Ulisse" per garantire la pace nella galassia. Un giorno, improvviso, arriva l'attacco dei sanguinari kilrathy, una strana genia di umanoidi dai tratti felini, nemici giurati dei terrestri. Prima di essere definitivamente espugnata e distrutta, la Pegasus lancia un allarme disperato, raccolto dall'armata terrestre: i mitici "Wing Commander" sono allora pronti a scendere in campo per arginare la mortifera minaccia...