La città di Olympus è una vera e propria utopia. La razza umana vive in pace grazie all'aiuto dei Bioroid, esseri del tutto simili agli uomini ma creati artificialmente. Questo almeno all'apparenza: in realtà c'è un crescente numero di umani che mal sopporta i Bioroid e la loro sempre maggiore importanza all'interno della società. L'arrivo in città di Deunan Knute, una giovane combattente famosa per le sue abilità nelle zone di guerra, altera definitivamente gli equilibri! La ragazza, insieme al compagno di sempre Briareos, ora divenuto lui stesso un Bioroid, si troverà all'interno di un articolato complotto volto al ritrovamento del misterioso "Appleseed", crocevia per il futuro della vita sul nostro pianeta!