Rokuro Okajima è un semplice dipendente di una multinazionale che vive e lavora in una grande città. Ma una trasferta d0affari nel Sud Est Asiatico sta per cambiargli la vita: la nave su cui viaggia viene infatti assaltata da un gruppo di pirati che lo prendono in ostaggio! Conosce così i tre membri della Lagoon Company: dutch, l'enorme uomo di colore a capo della banda; Benny, l'esperto di tecnologia del gruppo; e Revy, una ragazza che gira armata con due pistole, sempre alla ricerca di un'occasione per usarle. Tre mercenari e un semplice impiegato: persone totalmente diverse ma che uno scherzo del destino ha fatto incontrare. Basato sul manga di Rei Hiroe, Black Lagoon è una nuova serie animata interamente incentrata sull'azione. Contiene gli episodi della serie n. 5 - 8.